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4 ans se sont écoulés depuis la fin du second film, Asuka est chargée, en compagnie de Mari, de récupérer le Tesseract dans lequel est scellé l'EVA-01, lorsqu'elle est intercepté par le système d'auto défense chargé d'empêcher quiconque de récupérer l'EVA-01, et sera sauvé par celle-ci. De retour de l'intérieur de l'EVA, Shinji se rend compte que beaucoup de choses ont changé, il est désormais considéré comme un criminel, retenu prisonnier par ses anciens amis de la NERV qui forment désormais l'organisation WILLE dont le but officieux est de détruire la NERV et d'empêcher de nouveau impacts.

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